Napredni tečaj molekularnih metoda analize nukleinskih kiselina

Tečaj molekularnih metoda analize nukleinskih kiselina polaznicima omogućava da steknu pregled osnovnih metoda koje se koriste u suvremenim dijagnostičkim i znanstvenim molekularno biološkim laboratorijima te im omogući da uspješno planiraju, odabiru i obavljaju svoje analize i eksperimente. Tečaj je koncipiran na način da polaznicima s predznanjem osnova molekularne i stanične biologije detaljno objasne pristupi analizama nukleinskih kiselina i pozadina pojedinih metoda. Nakon kratkog teoretskog uvoda ćemo se usredotočiti na metode. Svaki polaznik imati će priliku metode individualno odraditi što će mu pružiti dodanu sigurnost i bolje usvajanje predmeta ovog tečaja. Na temelju znanja stečenog pohađanjem tečaja svaki će polaznik biti u mogućnosti samostalno isplanirati i voditi istraživanje te uhodati metode iz područja koje obuhvaća ovaj tečaj.   1. DAN (8 sati):

• Sastavi otopina za ekstrakciju DNA iz raznih izvora
• Metode ekstrakcije DNA iz više vrsta bioloških uzoraka
•  Metode ekstrakcije RNA
• Kvalitativna i kvantitativna analiza nukleinskih kiselina (analiza gel elektroforezom, spektrofotometrijska analiza)
• Uvod u princip metode PCR – aplikacije, komponente i uvjeti reakcije
• Pretraga baza nukleotidnih slijedova
• Odabir početnica
• Priprema PCR reakcije, mogućnosti optimizacije PCR reakcije
• Analize rezultata PCR reakcije.

  2. DAN (8 sati):

• Osnove metode real-time PCR
• Metode detekcije produkta real-time PCR-a i područja primjene (hydrolisis probes, Sybr Green…)
• Moguće primjene real-time PCR-a i postojeće tehnologije; njihove prednosti i nedostatci
• Dizajn početnica i proba
• Alelna diskriminacija, analiza ekspresije gena(relativna i apsolutna kvantifikacija), end-point analize, copy number assay, plus/minus assay
• Planiranje i optimizacija reakcije s naglaskom na moguće probleme i rješenja
• RT PCR – mogućnosti i optimizacija (one-step RT, two step RT, random priming…)
• Analiza ekspresije gena
• Pregled rezultata i obrada podataka
• Smjernice za objavu rezultata real-time eksperimenta (Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments – MIQE)

  3. DAN (8 sati):

• Metode i primjena određivanja slijeda nukleinskih kiselina
• Baze podataka i dizajn početnica
• Planiranje i optimizacija reakcije s naglaskom na moguće probleme i rješenja
• Priprema produkta sekvenciranja za kapilarnu elektroforezu
• Određivanje slijeda nukleinskih kiselina
• Analiza rezultata – poravnavanje, analiza slijeda i anotacija
• Osnove filogenetske analize